横滨FC成立于1999年，当时是横滨市两大球会飞翼和水手合并后的第二年，一些飞翼球迷不认为自己应该支持合并后的横滨水手，因为实际上飞翼已经解散，而水手是飞翼的同市死敌。所以，他们向公众募捐，与国际管理集团结盟，成立了横滨Fulie体育俱乐部（Yokohama Fulie Sports Club）。然后他们仿效巴塞罗拿在Fulie体育会下成立了横滨FC。这是日本首间由球迷拥有和经营的球会。